CentreStack include una serie di funzionalità di sicurezza come la generazione di report di audit, la registrazione delle modifiche ai file, euristiche per bloccare i dispositivi che modificano i file troppo frequentemente e la crittografia end-to-end. Queste funzionalità sono conformi a standard come il GDPR e l'HIPAA, rendendolo ideale per settori che richiedono una sicurezza dei dati rigorosa e conformità.