CentreStack offre des fonctionnalités de sécurité avancées, y compris le verrouillage de fichiers, la mise en cache intelligente et l'intégration à l'Active Directory. Il offre également une protection contre les rançongiciels et les logiciels malveillants, la protection de versionnement et la possibilité de définir des permissions d'accès aux fichiers.